Inicialmente el colegio fue institución de carácter privado y después pasó a formar parte del sector oficial dependiendo del Departamento de Caldas y finalmente de la Nación.

Fue fundado en el año 1904 con grandes problemas de carácter económico, pero al cabo de los años logró una buena organización interna, al igual que impartir una excelente formación integral.

En el año 1943 tenía el nombre de "Colegio Oficial de Varones" a la muerte del educador don Deogracias Cardona el colegio adoptó su nombre, denominándose por orden del Concejo Municipal: COLEGIO DEOGRACIAS CARDONA.

En 1973 fue creada la jornada nocturna y en el año 1975, con base en el decreto 2854 del Ministerio de Educación Nacional, se dio origen a la jornada de la tarde, permitiendo ser integrado, también, por niñas.

En virtud de la Ley 22 de 1962, el colegio "Deogracias Cardona" que era departamental fue nacionalizado, adoptando el nombre de Colegio Nacional Deogracias Cardona.

En Abril de 2000 se fusionaron las jornadas de la mañana, tarde y noche, mediante la Resolución Departamental 157 de Abril de 2000 pero conservando el nombre de COLEGIO NACIONAL DEOGRACIAS CARDONA.